Il primo documento che testimonia l’esistenza della chiesa di S.Giustina è la Bolla di Papa Lucio II del 21 maggio 1114. Già a quell’epoca la chiesa doveva esistere già da tempo, ma non sappiamo in quale luogo preciso, se sulla riva del fiume Marecchia o già nei pressi della Via Emilia. Lo spostamento dell’edificio sacro si ipotizza sia stato causato dalle periodiche e distruttive piene del fiume Marecchia.
A causa degli eventi bellici svoltisi nel territorio di Rimini durante l'estate del 1944, la Chiesa Parrocchiale di S. Giustina rimase completamente distrutta. Durante le operazioni belliche per lo spostamento del fronte, il campanile della Chiesa fu utilizzato dal Comando tedesco come osservatorio e, pertanto, il Tempio venne assoggettato a ripetuti bombardamenti aerei, in seguito ai quali il Tempio stesso rimase gravemente danneggiato. Al momento di evacuare il paese, i tedeschi minarono il campanile, che era rimasto intatto, con una fortissima carica di esplosivo, provocando il crollo e l'abbattimento di esso sulla Chiesa, la quale finì col rovinare completamente.
La chiesa e gli edifici attigui furono quasi integralmente rinnovati nel periodo che va dal 1983 ai giorni d’oggi. L’interno viene rifatto completamente: il pavimento della chiesa in marmo granito, rosa porino, i 14 finestroni della chiesa con vetrate istoriate raffiguranti scene evangeliche e ritratti di Santi. Viene letteralmente rifatto l’intero presbiterio della chiesa, con relativo tabernacolo opera degli artisti di Ortisei. Viene poi rifatta la chiesetta invernale arricchita anche di un artistico affresco opera di Vaccarini Gioacchino; questo affresco è una meditazione sul mistero di Gesù Cristo albero della vita.
Ultimamente vengono poste due finestre istoriate raffiguranti due angeli adoranti Gesù Bambino di Praga.
Dal 1996 la parrocchia è anche punto di riferimento per i devoti di Santa Teresa di Lisieux di Gesù Bambino e del Volto Santo; infatti è stata più volte ospite con tutto il suo corpo, con un enorme afflusso di gente da ogni parte dell’Italia.